Hakodate está en el extremo sur de Hokkaido, en un itsmo angosto entre dos bahías, con el monte Hakodate en la punta. Fue uno de los primeros puertos de Japón abiertos al comercio exterior, en 1859, tras siglos de restricciones. Comerciantes y diplomáticos de Rusia, del Reino Unido y de Estados Unidos se establecieron en la ladera del monte, y el barrio de Motomachi conserva de esa época iglesias, consulados y casas de madera de estilo occidental.
La ciudad también fue escenario del final de la guerra civil de Boshin, en 1869, cuando las últimas tropas leales al shogunato resistieron en el fuerte de Goryokaku, una fortificación en forma de estrella de cinco puntas. Hoy el fuerte es un parque con fosos, cerezos y una réplica de la antigua magistratura, y la torre contigua muestra el diseño de la estrella desde lo alto.
La vista desde el monte Hakodate por la noche es la imagen más conocida de la ciudad: las luces dibujan el itsmo entre las dos bahías oscuras. Por la mañana, el mercado matinal, junto a la estación, vende calamar fresco, cangrejo, erizo y huevas de salmón servidas sobre arroz. La zona del puerto tiene almacenes de ladrillo reconvertidos en tiendas y restaurantes, y el barrio termal de Yunokawa queda a pocos minutos del aeropuerto.
Hakodate es la puerta sur de Hokkaido: el tren bala llega desde Tokio por el túnel submarino de Seikan hasta la estación Shin-Hakodate-Hokuto, y trenes exprés continúan hacia Sapporo.
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